MicrobeTrace

MicrobeTrace — это программная платформа с открытым исходным кодом, работающая в веб-браузере и разработанная Центрами по контролю и профилактике заболеваний (CDC) для визуализации и анализа молекулярной эпидемиологии и сетей передачи инфекционных заболеваний.

Платформа позволяет интегрировать данные генетических последовательностей патогенов с эпидемиологической и демографической информацией для поддержки анализа в ходе расследований вспышек и исследований в области общественного здравоохранения.

Функциональность

MicrobeTrace предоставляет интерактивные инструменты для визуализации сетей передачи, полученных на основе данных о генетических расстояниях, исследования филогенетических деревьев и интеграции молекулярных, демографических и эпидемиологических наборов данных. Платформа также поддерживает временной и геопространственный анализ вспышек инфекционных заболеваний. Поскольку она работает в веб-браузере, анализ можно проводить локально без необходимости загрузки данных на внешние серверы.

Применение

MicrobeTrace применялась в исследованиях множества инфекционных заболеваний в различных географических условиях, включая вирусные, бактериальные и паразитарные патогены.

ВИЧ

Платформа использовалась в исследованиях молекулярной эпидемиологии передачи ВИЧ, включая расследования вспышек среди лиц, употребляющих инъекционные наркотики, в США и анализ динамики передачи в международных условиях.

Вирусные гепатиты

MicrobeTrace применялась в исследованиях геномной эпидемиологии гепатита A и гепатита C, включая обнаружение вспышек и анализ передачи как в сообществах, так и в учреждениях.

Бактериальные и паразитарные заболевания

Программное обеспечение также использовалось в исследованиях бактериальных и паразитарных патогенов, включая анализ динамики передачи Neisseria gonorrhoeae, расследования вспышек туберкулеза и генотипирование кластеров Cyclospora cayetanensis.

Респираторные вирусы

Во время пандемии COVID-19 MicrobeTrace использовалась для расследования вспышек в сообществах и учреждениях, включая исследования передачи, связанной с общественными мероприятиями и университетскими популяциями.

Другие патогены

Платформа также применялась для изучения возникающих инфекционных заболеваний, включая расследования передачи оспы обезьян.

Доступность

MicrobeTrace распространяется как программное обеспечение с открытым исходным кодом и доступна через публичный репозиторий кода CDC. Она предназначена для работы в современных веб-браузерах и не требует установки.

См. также

• Молекулярная эпидемиология
• Филогенетика
• Генетическая эпидемиология

Ссылки

• https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?linkname=pubmed_pubmed_citedin&from_uid=34492010
• https://github.com/CDCgov/MicrobeTrace